肿瘤的分期是研究最早也是最透彻的预后影响因素。根据诊断时的情况，肾母细胞瘤分为局限(I~III期)、转移(IV期)以及双侧肿瘤(V)期 [ 2 ] 。通常来说，随着分期提高，患儿的预后也会随之变差。然而，随着治疗方案的进展，部分分期较高的患儿生存率较以往有了较大的改善。在北美儿童肿瘤协作组(Children’s Oncology Group, COG)主持的AREN0532研究中，Fernandez等人对总共535名分期为III期的肾母细胞瘤患儿进行随访研究，最后的4年无事件生存率为88%，总体生存率为97% [ 3 ] 。对于预后良好型且分期为IV期(伴有肺转移)的患儿，Dix等人采用长春新碱/放线菌素D/多柔比星(DD4A)结合肺部放疗的治疗方案，使得总体生存率由既往研究的84.0%提升到了95.6% [ 4 ] 。然而，除单纯的分期外，患儿的生存期还受到其他多种因素的制约，同样是分期为III期预后良好型的患儿，若淋巴结活检为阳性，且存在1p/16q杂合性丢失的话，4年无事件生存率就只有74% [ 3 ] 。总体来说，术前根据临床资料准确分期，术后再根据手术情况视必要性重新分期，并根据分期结果制定对应的后续治疗方案十分关键，根据分期的不同，术后治疗方案有很大的区别，部分患儿可以完全不需后续治疗，也有患儿需要放化疗结合治疗 [ 5 ] 。另外，即使在同一个分期，肿瘤的预后也会有不同。Ehrlich等人进行的全国肾母细胞瘤瘤研究-5 (National Wilms Tumor Study-5, NWTS-5)的一项回顾性研究发现，使得肿瘤分期为III期的各种因素(手术切缘阳性、淋巴结阳性、肿瘤破裂、腹膜种植等)对肿瘤的复发有着不同的影响，而且影响通常是叠加性的，在单因素分析中淋巴结活检是否阳性对患儿无事件生存率(p = 0.66)以及总体生存率(p = 0.057)没有显著差异，但多因素分析中淋巴结受侵犯与肿瘤切缘阳性叠加使得患儿的无事件生存率(p = 0.008)与远期生存率(p = 0.07)存在差异 [ 6 ] 。一项单中心的临床回顾研究发现，分期同为III期及以上的患儿，存在术前肿瘤破裂的患儿相比不存在术前肿瘤破裂的患儿具有更高的转移复发几率(p = 0.031)，不过远期预后并无显著的差异(p = 0.256) [ 7 ] 。

国际儿科肿瘤协会(The International Society for Pediatric Oncology, SIOP)及COG均认同在肿瘤组织中找到间变细胞是预后不良的标志 [ 2 ] [ 8 ] 。间变细胞常表现为明显增大的细胞核，直径常大于相邻非间变同类细胞的3倍，同时伴有核深染以及多倍体的病理性核分裂相 [ 9 ] 。间变细胞的出现与肿瘤分期及组织学分类没有明显关联，含有间变细胞的肾母细胞瘤又可分为局灶间变型和弥漫间变型，通常来说，间变细胞预示着肿瘤对于放化疗有着更强的抗性，同时发生转移和复发的危险性也更高，局灶间变型的危险性介于非间变型和弥漫间变型肾母细胞瘤之间 [ 10 ] 。然而，目前研究认为，间变细胞所带来的不良预后可以通过提高化疗药物的强度来克服。Daw等人发现，对于I期间变型肾母细胞瘤，使用时长25周的长春新碱 + 放线菌素D + 多柔比星，结合放疗可以使患儿的无事件生存率从既往研究的77.5%提升到97.2% [ 11 ] 。Fajardo等人则发现，对于1期弥漫间变型肾母细胞瘤，28周DD4A化疗方案不结合放疗亦可以达到相似效果，同时也省去了儿童放疗所带来的潜在危险 [ 12 ] 。

胚芽细胞是肾母细胞瘤中分化程度最低的非间变细胞成分，在瘤体中常常表现为无明显排列规律的原始细胞。因此SIOP认为胚芽为主型的肾母细胞瘤常常预示着更差的预后，在术前化疗的危险度评估中分为高危组 [ 13 ] ，Pasqualini等发现在IV期肾母细胞瘤患儿中，病理为胚芽为主型的患儿与弥漫间变型的患儿五年无事件生存率无明显统计学差异(p = 0.09) [ 14 ] 。因此，术后病理诊断确认为胚芽为主型的患儿也预示着更差的远期预后，常常需要强化的后续治疗方案。

COG将年龄纳入肾母细胞瘤患儿危险度分层的影响因素之一，并且认为年龄增加会导致更糟糕的预后和更高的复发几率 [ 15 ] 。对这种趋势的一种解释认为，年龄较大的患儿诊断时常常处于较高的临床分期，并且年龄较大的患儿中间变型肾母细胞瘤所占的比例较高 [ 16 ] 。然而也有研究者认为除开这些因素外，年龄也是一项独立影响预后的因素 [ 17 ] ，Pritchard-Jones等发现对于预后良好型肿瘤，年龄较大患儿的预后也不及年龄较小患儿，该年龄分界线在4岁左右较为明显 [ 18 ] 。目前，关于适合手术的最佳年龄段尚有争议，COG危险度分层中将年龄 < 2岁作为较低危的一个因素 [ 19 ] 。然而，日本肾母细胞瘤研究(Japan Wilms Tumor Study, JWiTS)的一项针对128例肾母细胞瘤患儿的预后分析中，以2岁为年龄分界线，小于2岁患儿的总体生存率为88%，大于2岁患儿则为78%，未见显著统计学差异(p = 0.275) [ 20 ] 。无论如何，早诊断早治疗仍是基本的治疗原则。

目前关于肾母细胞瘤患儿肿瘤切除术前是否需要进行新辅助化疗仍然存在争议。COG认为，直接进行手术切除可以获得更准确的肿瘤分期，有助于指定术后的序贯治疗方案；而SIOP认为，对于分期较高的患儿，术前进行新辅助治疗，可以一定程度上降低肿瘤分期，减少肿瘤体积，减小术中瘤体破裂的风险，从而增加肿瘤切除手术的安全性，降低术后肿瘤复发的可能性 [ 34 ] 。Vujanic等人对单侧非间变型肾母细胞瘤患儿进行的回顾性病例对照研究发现，经过术前化疗后，术后病理诊断为完全坏死型(CN-WT)及消退型(RT-WT)的患儿，手术后无事件生存率及总体生存率有所提高 [ 35 ] 。

肿瘤肺转移是肾母细胞瘤患儿最常见的转移方式。对于存在肺部转移灶的患儿，SIOP的指南建议先行进行为期6周的DD4A方案化疗，若肺部结节对化疗药物表现为完全反应，则患儿可以不进行肺部放射治疗，而肺结节表现为不完全反应甚至无反应的患儿往往需要进一步放化疗来取得相对较好的治疗后生存期 [ 36 ] 。